Description :
Une mosaïque de forêts riveraines (aulnaies, saulaies), de bois marécageux, de prairies inondables et de tourbières compose les vallées alluviales de la Lanterne, du Breuchin et de la Semouse.
Les forêts, majoritaires sur le site (près de 14000 ha), sont dominées par des hêtraies plus ou moins acides. Elles abritent plusieurs espèces d'oiseaux patrimoniaux : le Gobemouche à collier, espèce emblématique du site mais aussi le Pic cendré, avec une des plus importantes populations de Franche-Comté.
La forêt alluviale joue un rôle écologique de premier ordre : régulation et épuration des eaux, maintien des berges... Chauves-souris, oiseaux, insectes, amphibiens y trouvent nourriture et abri.
La Lanterne et le Breuchin, son affluent principal, constituent des systèmes écologiques remarquables. Ces cours d'eau présentent une grande diversité de vitesses d'écoulement et de profondeurs : on y rencontre ainsi de nombreuses espèces animales aux exigences écologiques variées : Ecrevisse à pied blanc, Blageon, Chabot, Lamproie de Planer... Les zones marécageuses abritent Blongios nain, Bihoreau gris, Marouette ponctuée, Butor étoilé, oiseaux rares et menacés à l'échelle européenne.
Les prairies permettent elles aussi de filtrer, de réguler les écoulements d'eau et de recharger les nappes phréatiques. Elles constituent des zones de nidification pour des oiseaux d'eau présentant un intérêt patrimonial remarquable comme le Courlis cendré. Diverses espèces de papillons et de libellules profitent de la végétation basse des prairies en bordure des ruisseaux.
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