La partie lorraine du Parc naturel régional des Ballons des Vosges accueille 19 zones Natura 2000 (18 au titre de la directive Habitats, 1 au titre de la directive Oiseaux), totalisant 14 510 ha, soit 16,3 % de la partie vosgienne du Parc (périmètre 2012).
Le réseau lorrain concerne essentiellement des tourbières (Lispach, Jemnaufaing, Machais), des massifs forestiers (Grand Ventron, forêt domaniale de Saint Maurice sur Bussang, Longegoutte) et les hautes chaumes (secteur du Tanet Gazon du Faing, chaumes du Hohneck).
Des gîtes à chauves souris ainsi que des complexes alluviaux en bordure de Moselle (confluence Moselle Moselotte) et de Haute Meurthe complètent le réseau.
Le plus grand site, la Zone de Protection Spéciale "Massif Vosgien", concerne 26 387 ha, mais une partie (9 440 ha) est située hors Parc. Elle vise notamment la préservation du Grand Tétras et des nombreuses espèces d'oiseaux partageant des biotopes similaires, notamment le Pic noir, la Chouette de Tengmalm et la Chouette chevêchette.
L'animation du réseau Natura 2000 est co-financé par l'Union européenne dans le cadre du programme "FEDER" (Fonds Européen de Développement Régional)
