Les sites du réseau natura 2000 du Parc naturel régional des Ballons des Vosges abritent ou accueillent plus d'une vingtaine d'espèces "d'intérêt communautaire" (justifiant la désignation d'un site natura 2000).

Certaines sont actuellement peu connues mais citées dans la littérature (bibliographie), d'autres présentes de manière occasionnelles (Cigogne noire), voire récentes (Hibou Grand Duc, Mulette épaisse, Loup), d'autres enfin sont bien représentées (Pic noir).

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N°	Nom latin	Nom vernaculaire	Code natura 2000	Statut, remarques
1	Ciconia nigra	Cigogne noire	A031	Observations en période de migration	Espèces d’oiseaux de l’annexe I de la directive “Oiseaux”
2	Pernis apivorus	Bondrée apivore	A072	Nicheuse régulière, migratrice
3	Falco peregrinus	Faucon pélerin	A103	Nicheur régulier
4	Bonasia bonasia	Gélinotte des bois	A104	Nicheuse, menacée
5	Tetrao urogallus	Grand Tétras	A108	Nicheur régulier, menacé
6	Bubo bubo	Grand Duc d’Europe	A215	Nicheur récent (depuis années 2000). En 2010, présent sur une dizaine de sites sur le PNR des Ballons des Vosges
7	Glaucidium passerinum	Chouette chevêchette	A217	Potentielle ; observée de plus en plus mais pas de preuve de nidification
8	Aegolius funereus	Chouette de Tengmalm	A223	Nicheur régulier
9	Picus canus	Pic cendré	A234	Nicheur régulier
10	Dryocopus martius	Pic noir	A236	Nicheur régulier
11	Lanius collurio	Pie-grièche écorcheur	A338	Marginale dans les coupes forestières ou jeunes plantations des zones basses ; nicheuse régulière dans les espaces ouverts à semi ouverts
12	Austropotamobius pallipes	Ecrevisse à pattes blanches	1092	Rare, plateau des mille étangs	Autres espèces animales : annexe II de la directive “Habitats”
13	Unio crassus Philipsson, 1788	Mulette épaisse	1032	Très localisée, plateau des mille étangs
14	Lampetri planeri	Lamproie de Planer	1096	Présente, cours d’eau de basse altitude
15	Cottus gobio	Chabot	1163	Présent, cours d’eau de basse altitude
16	Myostis emarginatus	Vespertilion à oreilles échancrées	1321	Zone d’alimentation
17	Myostis bechsteini	Vespertilion de Bechstein	1323	Nicheur
18	Myostis myotis	Grand Murin	1324	Nicheur
19	Lynx lynx	Lynx boréal	1361	Présent, quelques individus en 2017
20	Canis lupus	Loup	1352	Présent, quelques individus en 2017
21	Lycaene helle	Cuivré de la bistorte	4038	Présent
22	Bruchia vogesiaca	Bruchie des Vosges	1385	Non revue depuis 1964, retrouvée en 2016 sur les Hautes Vosges	Espèces végétales : annexe II de la directive “Habitats”
23	Buxbaumia viridis	Buxbaumie verte	1386	Statut à préciser dans les Hautes Vosges mais espèce vraisemblablement bien représentée	Espèces végétales : annexe II de la directive “Habitats”

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Les espèces d'intérêt communautaire du Parc des Ballons des Vosges